По решению руководителя ФТС России 1 декабря 2008 года была создана Московская таможня. За прошедшее время не раз менялось законодательство в области таможенного дела, по новому выстраивали свои отношения таможенники и участники внешнеэкономической деятельности.
Несмотря на то, что в структуру Московской таможни входит всего 7 таможенных постов, все они наделены соответствующей компетенцией и имеют особую специфику работы:
 Выставочный таможенный пост;
 Московский железнодорожный таможенный пост;
 Дипломатический таможенный пост;
 Научно-инновационный таможенный пост;
 таможенный пост Международный почтамт;
 Московский таможенный пост (центр электронного декларирования);
 Михневский таможенный пост.
В настоящее время в регионе деятельности Московской таможни осуществляют внешнеэкономическую деятельность более трёх тысяч участников ВЭД.
Сегодня таможня располагает всем необходимым для успешной работы. Для ускорения процесса таможенного декларирования товаров, повышения эффективности таможенного контроля и создания благоприятных условий для участников внешнеэкономической деятельности московские таможенники широко применяют новейшие информационные технологии: электронное декларирование, удаленный выпуск товаров, предварительное информирование. Так, например, активное применение технологии автоматической регистрации декларации позволило с апреля 2016 года зарегистрировать более 5,5 тысяч деклараций.
За 11 месяцев 2016 года Московской таможней перечислено в доходную часть федерального бюджета более 40 млрд. рублей.
Мероприятия, проводимые в рамках реализации поставленных перед Московской таможней задач, и в дальнейшем позволят достигать наилучших результатов в своей работе.
Помимо выполнения своих основных функций по защите экономических интересов Российской Федерации, должностные лица Московской таможни не только профессионально выполняют свою работу, но и принимают активное участие в спортивных мероприятиях, творческих конкурсах, организуемых Центральным таможенным управлением и Федеральной таможенной службой.