С момента создания Крымской и Севастопольской таможен должностные лица таможенных органов Центрального таможенного управления оказывают коллегам методическую и практическую помощь.
Включение в российскую систему государственных органов потребовало от крымских таможенников не только изучения таможенного законодательства Российской Федерации, но и изменений администрирования локально - вычислительной сети и настройки программного обеспечения, освоения ранее незнакомых программных продуктов и технологий. Также новшества коснулись делопроизводства и организации труда.
С апреля 2014 года и по настоящее время осуществляется командирование должностных лиц таможенных органов Управления в Севастопольскую и Крымскую таможни. Передавать опыт и знания направляют самых опытных и квалифицированных сотрудников: специалистов по таможенному декларированию, должностных лиц таможенных постов, отделов товарной номенклатуры происхождения товаров и торговых ограничений, отделов административных расследований, отделов информационной безопасности и технической защиты информации, досмотровиков, дознавателей, кадровиков, делопроизводителей. Например, от Ярославской таможни для обеспечения таможенного контроля и функционирования различных подразделений Крымской и Севастопольской таможен было прикомандировано шесть человек, от Курской – 12, от Тульской – 8, от Московской –6, от Смоленской –7 и от Калужской – 6.
Белгородские и липецкие таможенники также несут службу в Крыму. С апреля 2014 года до настоящего времени было командировано 16 белгородцев и пятеро липчан. На сегодняшний день два таможенных инспектора Белгородского таможенного поста работают в Крымской таможне на Перекопском таможенном посту Многостороннем автомобильном пункте пропуска Армянск. Одному из них определён участок работы, связанный с осуществлением досмотра личного багажа физлиц, другой осуществляет контроль за таможенным транзитом. Сотрудник Липецкой таможни работает на МАПП «Армянск».
После опубликования в СМИ информации об участии должностных лиц Белгородской и Липецкой таможен в контрабандных перевозках мяса с территории Украины через Крым на материковую часть России, было проведено служебное расследование, с подключением к нему службы по противодействию коррупции Управления. В результате был получен ответ о непричастности сотрудников Белгородской и Липецкой таможен к этому преступлению. В целом, нареканий по работе представителей таможенных органов ЦТУ в Крыму нет.